Hijo menor de Giovanni Magni y hermano del impresor Bartolomeo Magni, parece no haber tomado parte en el negocio familiar. Por sus destacadas aptitudes musicales un tío homónimo, canónigo de Letrán en Pistoia, lo hizo estudiar en esa ciudad junto con sus hermanos Sebastiano y Giovanni Crisostomo, donde Benedetto se convirtió en compositor, organista y experto en instrumentos de viento y cuerda. De regreso en su tierra natal, desde el verano de 1598 ocupó el puesto de organista en la iglesia de S. Romualdo en la abadía de Classe en Rávena. En diciembre de 1600 sucedió a Nicolò Guerrini en el órgano de la catedral de Rávena; al mismo tiempo en 1602 fue organista de Santa Maria in Porto de los canónigos de Letrán; en 1621 se convirtió en sacerdote.

La primera obra impresa de Magni fue un madrigal para cinco voces en "Musica de diversi eccellentissimi autori" (1604). Sucesor de Costanzo Porta (1528-1601) y de Tommaso Graziani (1550-1634), Benedetto logró, abandonando la polifonía tradicional renacentista de sus predecesores, mantener altamente calificado el nivel de la vida musical en las iglesias de la ciudad; sus composiciones, de hecho, documentan la asimilación de las nuevas tendencias en la música litúrgica decomienzos del siglo XVII para voces y con el bajo para órgano.

Frontispicio de "Madrigali a cinque voci" de Benedetto Magni

Publicó cinco colecciones de música, todas excepto una sacras y cuatro de ellas impresas por Bartolomeo. El segundo libro de 1612 fue reunido por su hermano Giovanni, quien le añadió cinco motetes propios; otro hermano, Sebastiano, publicó en 1613, por su propia iniciativa, la colección "Madrigali a 5 voci Op. 3" de Benedetto, dedicándola a Giovanni Macigni, caballero florentino y expresando: no es de extrañar que con el tiempo cambian los gustos de los hombres, y lo que alguna vez le gusta pasando los años se convierte en fastidio'. Los textos poéticos de los madrigales son de G. B. Guarini, Torcuato Tasso y G. B. Marino.

En 1612 Benedetto dedicó al arzobispo de Ravena, el cardenal Pietro Aldobrandini, los "Concerti a una, due, tre et quatro voci con il basso per sonare, Libro primo"(Venecia, 1612), que define en la carta dedicatoria de 15 de marzo éstos mis primeros esfuerzos'. El 1 de julio de 1612 la imprenta de los herederos de Angelo Gardano publicó el "Secondo libro dei Concerti a 2, 3, 4, 5, & 6 voci con il basso per sonare de Benedetto M. recopilados por don Gio. Chrisostomo de Ravenna. canónigo regular de Letrán su hermano" (Venecia, 1612). Siguieron, en 1614, las dos "Messe concertate a otto voci con il basso per l'organo op. 4", dedicadas a Camillo Baliotti, canónigo de Letrán Canon y prior de Santa Maria delle Grazie de Novara: la primera es una 'misa en concierto' y la segunda una misa-parodia sobre "Se'l pensier che mi strugge".

Los "Concerti a 1, 2, 3, 4, & 8 voci, Libro terzo" (Venecia, 1616) están dedicados por el autor a monseñor Antonio Orfino, vicedelegado de Romaña en agradecimiento por los muchos favores recibidos. Uno de sus alumnos fue el caballero Giovanni Macigni, cuyo primer libro de madrigales para cinco voces (1617, su única publicación conocida) contiene madrigales de Magni; no hay ninguna indicación en cuanto a qué piezas son de cual compositor.